Il Branchiomyces, come intuibile dal nome, è un fungo che attacca le branchie delle Koi. Si localizza nei vasi sanguigni, dove produce ife ramificate per effettuare la sporulazione (liberare aplanospore per scissione endogena).
Le infezioni fungine dei pesci sono causate dalla famiglia Saprolegniaceae di funghi acquatici, tra cui Saprolegnia, Achlyaiasis e Dictyuchus.
L’Ichthyosporidium Hoferi è come suggerisce il nome un fungo. Come la maggior parte di altri funghi infetta solo i pesci già indeboliti e di norma non è in grado di infettare un pesce sano in buone condizioni.
Il Dermocystidium è una malattia fungina molto rara nelle Koi. Come suggerisce il nome, il Dermocystidium colpisce la pelle delle Koi e può essere trovato sulle pinne, sulle branchie o sul corpo.